阳光明媚的一天，东都体育场正进行一场东京Spirit和大阪钢巴的精彩足球比赛，江户川柯南（高山南 配音）、灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边，事务所内的毛利小五郎（小山力也 配音）却接到一通恐怖袭击的电话。经过一番努力，小兰（山崎和佳奈 配音）终于摆脱新一解开了犯人留下的暗语，成功拯救了无数人的生命。在此之后，警方和毛利一方锁定了数名嫌疑人，并随之展开调查。与此同时，躲在暗处的犯人继续策划新一轮的袭击，前所未有的大挑战，争分夺秒的对决，裹挟着无数怨恨的袭击强势袭来……一切发生的就像快动作似的，在附近的特别异能小组成员发现异常情况后，赶到卫府之前，巨力老人尉迟镛和大元帅卫柱国就全部重伤将死了，还好最后时刻，特别异能小组的人都赶到了，上百高手的增援终于打退了那批袭击卫府的黑衣人，要不然尉迟镛和卫柱国怕是早已经魂归地府了。
